在生物医学领域,非靶向差异代谢产物分析(Untargeted Differential Metabolomics Analysis)是一种关键的研究方法。它不关注特定的代谢物或代谢途径,而是通过系统、无偏见地分析所有可检测的代谢物,旨在揭示样本间的代谢物浓度差异。这一过程通常包含几个重要步骤:
样品准备:非靶向代谢物分析的首要步骤是样品的收集与处理。所使用的样品可能包括生物组织、细胞或体液等,需经过一系列细致的处理过程,例如冷冻破碎、酶解和提取,以确保尽可能多地提取代谢物。
代谢物检测:提取的样品将通过气质联用(GC-MS)或液质联用(LC-MS)技术进行检测。这两种技术能够提供有关代谢物结构和质量的重要信息,GC-MS通常适用于水溶性代谢物的靶向分析,而LC-MS则更适合分析氨基酸、糖类、醇类等水溶性小分子。
数据处理:检测生成的大量数据需要进行软件处理,包括峰值识别、归一化和对齐等步骤。此外,代谢物鉴定是分析中的关键环节,通常通过对比数据库中的质谱数据进行。
数据分析:经过处理后,数据可以用于统计学和生物信息学分析,运用方法如主成分分析(PCA)、偏最小二乘判别分析(PLS-DA)和正交偏最小二乘判别分析(OPLS-DA)等,这些方法帮助识别样本间的差异及其关键代谢物。
结果验证和解释:最后,需要通过实验验证分析结果,并结合生物学知识解释结果,以理解代谢物差异的生物学意义。非靶向差异代谢产物分析在疾病诊断、生物标志物发现以及药物开发等领域具有重要应用。
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在使用尊龙凯时的生物信息分析软件Simca和MetaboAnalysis时,参数设置需根据具体分析目标调整。例如,在Simca中,主成分分析的主成分数量应基于样本间的方差贡献率来选择,而偏最小二乘判别分析中潜在变量的数量一般应少于类别数减1。
在MetaboAnalysis中,数据预处理、统计分析方法和显著性水平的设置都必须依据实验设计来选择。同时,建议在分析多个变量时采取Bonferroni校正等多重检验校正方法,以控制错误发现率。
在生物信息分析中,当使用OPLS-DA模型筛选VIP值时,VIP值高于8并不常见,但也可能意味着该变量在模型中的重要性极高。为确保分析结果的可靠性,建议参照相关文献或软件文档获得更详尽的指导。
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