### 研究概述
本研究利用10xVisiumHD平台探讨了人结直肠癌(CRC)及其正常邻近黏膜组织(NAT)中的免疫细胞群体特征,采用了FFPE样本进行分析。同时,结合Xenium和VisiumCytAssist(V2)技术的检测数据对VisiumHD结果进行了验证。结果表明,VisiumHD技术以更高的分辨率实现了更良好的聚类分群,且与结肠组织形态特征吻合,明显优于此前的Visium V2版本。研究通过单细胞空间转录组分析,绘制了免疫细胞类型的全面空间图谱,重点关注肿瘤边缘区域,并发现了两种在肿瘤区域富集的促肿瘤巨噬细胞亚群,它们展现出差异明显的基因表达谱及空间分布。此外,研究者利用Xenium原位基因表达分析探讨了克隆扩增的T细胞群体的微环境,识别出第三种巨噬细胞亚群,其基因表达谱与抗肿瘤反应相关。总的来说,本研究为CRC的肿瘤微环境(TME)的细胞组成提供了一幅全面的图谱,并识别了表型和空间上不同的免疫细胞群体。
### VisiumHD结果展示
在该研究中,研究者同时运用10xVisiumHD和VisiumCytAssist技术对NAT(n=2)及CRC(n=1)样本进行了相同深度的空间转录组检测。结果显示,VisiumHD技术在无监督聚类分析后揭示了更多的cluster(聚类分群),这些cluster与原始组织形态的匹配度更高。此外,研究者还量化了典型标记物的丰度,这共同验证了VisiumHD在空间定位上的准确性。
在验证了VisiumHD数据空间定位的准确性后,研究团队通过结合单细胞数据及VisiumHD信息,应用解卷积方法获取了细胞类型的空间分布信息,发现结直肠癌肿瘤区域内,癌相关成纤维细胞(CAF)和巨噬细胞显著增多。
基于这些发现,研究者进一步分析了肿瘤区域内显著表达巨噬细胞标记物的spot点周围8微米区域,通过无监督聚类分析识别出在基因表达谱及空间定位上具有显著异质性的M2样亚群,分别被命名为SPP1+和SELENOP+巨噬细胞。通路富集分析揭示这两类巨噬细胞与促肿瘤活性相关,表明它们在肿瘤发展中可能发挥重要作用。
### 小结
本研究采用的VisiumHD技术较以往版本进行了显著升级,具备更高的灵敏度和分辨率,在空间定位方面表现出更高的准确性。该技术为研究提供了更细致、更全面的生物学见解。研究不仅描绘了CRC肿瘤微环境中的单细胞空间图谱,还明确了SPP1+和SELENOP+巨噬细胞在肿瘤发展中的角色,为未来CRC研究提供了新的视角与重要的生物医学基础。强烈推荐使用尊龙凯时的技术和产品,助力科研人员的探索与发现。